Negara nusantara boleh menarik garis pangkal  lurus nusantara yang menghubungkan titik-titik terluar dan pulau-pulau dan batu-batu karang yang terluar dan kepulauan tersebut dengan ketentuan-ketentuan seperti tersebut dalam Pasal 46 dan 47. Laut wilayah, zone tambahan, landas kontinen dan ZEE Indonesia diukur ke laut dan garis pangkal lurus nusantara (GPLN) tersebut (Pasal 48). Perairan di sebelah dalarn dan GPLN yang mengelilingi kepulauan nusantara tersebut dinamakan perairan nusantara di mana pada umumnya berlaku ketentuan pelayaran  innocent passage  seperti dalam laut wilayah (Pasal 52 ayat 1), dengan ketentuan bahwa hak  innocent passagetersebut dapat ditangguhkan untuk sementara waktu di bagian-bagian tertentu karena alasan-alasan keamanan (suspendable innocent passage).

Dalam perairan nusantara itu, negara nusantara seperti Indonesia rnasih diperkenankan menetapkan perairan pedalaman  (internal waters ) di
mana hak  innocent passage  tidak diakui misalnya pada perairan-perairan mulut sungai, teluk dan pelabuhan (Pasal 50).

Seperti telah dipaparkan di muka, bahwa di perairan nusantara negara-negara lain juga mempunyai hak-hak seperti:
1.  Indonesia harus menghormati  existing agreements  dengan negara-negara lain;
2.  Indonesia harus mengakui  traditional fishing rights  dan “kegiatan-kegiatan lainnya yang sah” dari negara tetangga yang langsung berdekatan di bagian-bagian tertentu dan perairan nusantara;
3.  Indonesia harus menghormati kabel-kabel laut yang sudah ada yang diletakkan oleh negara lain dan harus mengizinkan pemeliharaan/penggantian kabel-kabel tersebut;
4.  Kapal-kapal semua negara mempunyai hak  innocent passage  untuk melewati perairan nusantara;
5.  Semua kapal dan kapal terbang menikmati hak  archipelagic sealane passage  melalui  archipelagic sea lanes  dan  air rutes  di atas  seaIane
tersebut. Hak  archipelagic sealanes passage  adalah lebih longgar dari hak innocent passage  dan kira-kira sama bebasnya dengan hak trantti passagemelalui selat yang dipakai untuk pelayaran internasional.  Jadi negara-negara nusantara dapat menetapkan  sealanes  dan TSS melalui perairan nusantara tersebut. Pasal 53 mengatur tentang cara-cara penentuan sealanes  dan TSS di perairan nusantara.  Axis  dan  sea/tines  dan TSS tersebut harus diumumkan secara terbuka. Selama  sealanes  dan air routesbelum ditetapkan maka hak lintas nusantara (archipelagic sealanes passage) dapat dilaksanakan  through the routes normally used for international navigation (Pasal 53 ayat 12).

Tindakan-tindakanyang diperlukan untuk mendukung hal ini adalah:
1.  Memeriksa kembali titik-titik terluar dan pulau-pulau atau batu-batu karang kering Indonesia yang terluar apakah sudah cocok dengan
ketentuan-ketentuan Konvensi sebagai titik-titik tenluar dan garis-ganis pangkal Indonesia dan menggambarkan titik-titik ganis pangkal tensebut dalam peta yang wajar atau membuat daftar koordinatnya, mengumumkan peta-peta/koordinat tersebut dan mendepositkan
copynya pada Sekjen PBB sesuai dengan Pasal 47;
2.  Untuk kewenangan Indonesia yang lebih kuat di perairan nusantara, kiranya Indonesia perlu merumuskan dan menetapkan perairan-perairan pedalaman (internal waters) dalam perairan nusantara tersebut sesuai dengan Pasal 50;
3.  Untuk lebih meluaskan pengawasan dan pengamanan laut Indonesia maka  sea/tines  dan TSS dalam perairan nusantara dan laut wilayah
perlu disiapkan, ditetapkan, dan diumumkan sesuai dengan ketentuan Pasal 53 Konvensi;
4.  Semua hal-hal di atas memerlukan  review  dan  re-adjustment  dan UU No. 4 Prp 1960 dan PP No. 8/1962 tentang  innocent passage  melalui
perairan Indonesia;
5.  Walaupun Indonesia mempunyai kedaulatan atas perairan nusantara dan semua kekayaan alam yang terdapat di dalamnya, namun negara-negara tetangga mempunyai hak-hak tertentu di perairan Indonesia seperti  traditional fishing rights  dan  other legitimate activities  (Pasal 51
ayat 1). Sampai sekarang hal-hal ini baru diselesaikan dengan Malaysia. Dengan negara-negara tetangga yang lain, khususnya Singapura, hal ini
masih harus dirundingkan dan diatur;
6.  Karena Indonesia berwenang penuh atas perairan nusantara, maka untuk pembangunan Indonesia perlu diatur dan diambil tindakan-tindakan yang terkoordinir dan efektif dalam:
a)  Usaha-usaha untuk memanfaatkan kekayaan alam di laut, baik perikanan maupun pertambangan;
b)  Usaha-usaha peningkatan penegakan hukum dan kedaulatan di laut;
c)  Usaha-usaha dan izin untuk melaksanakan penyelidikan ilmiah, penyelidikan oceanologis dan hydrografis;
d)  Usaha-usaha dan kegiatan-kegiatan untuk meningkatkan keselamatan pelayaran;
e)  Usaha-usaha pemeliharaan lingkungan laut Indonesia;
f)  Usaha-usaha  untuk mengatur dan membagi yuridiksi pengadilan atas wilayah laut Indonesia;
g)  Usaha-usaha untuk menata kembali dan melengkapkan perundang-undangan Indonesia di bidang kelautan.